Diese Vereinfachung hat allerdings ihren Preis. Laut Musk ist der Raptor 3 „tatsächlich etwas schwierig zu warten, weil es Teile gibt, die keinen Flansch mehr haben; er ist nur noch zugeschweißt.“ Um Reparaturen durchzuführen, muss SpaceX das Triebwerk aufschneiden, und ein wichtiger Flansch, der entfernt wurde, scheint der „massive verschraubte Flansch für den Heißgasverteiler zu sein, der heißes Gas aus dem kraftstoffreichen Heißgas von der Seite der Kraftstoffpumpe überträgt“ beim Raptor 2-Triebwerk, das beim ersten Starship-Testflug für einige Komplikationen verantwortlich war.
